Sebastian Markert studierte Biologie in Würzburg und promovierte dann dort in Neurobiologie. Danach verbrachte er fast drei Jahre an der Johns Hopkins University in Baltimore, USA, und erforschte wie die Fotorezeptorzellen in der Netzhaut Licht in Nervensignale umwandeln. Zurück in Deutschland war er zunächst am EMBL (Europoean Molecular Biology Labotatory) in Heidelberg und wurde dann Nachwuchsprofessor an der htw saar mit Industriepartner Carl ZEISS Microscopy GbmH, wo er als Anwendungsspezialist für Elektronenmikroskopie arbeitete.
Die wissenschaftlichen Schwerpunkte von Sebastian Markert sind Elektronenmikroskopie, die Kommunikation zwischen Nervenzellen und Neuroergonomie.
Weitere Schwerpunkte seiner Arbeit sind Simulationen des Nervensystems und die mechanischen Eigenschaften des Gehirns auf der zellulären Ebene. Außerdem hat er sich der Wissenschaftskommunikation verschrieben und steht öfter mal auf Bühnen und präsentiert wissenschaftliche Themen für ein Laienpublikum. In den sozialen Medien ist er als „sci_bastian“ zu finden und veröffentlicht dort Videos zu spannenden Themen aus der Biologie.
An der htw saar wird er an der Fakultät für Ingenieurwissenschaften lehren in den Studiengängen Biomedizinische Technik (Bachelor), Medizinische Physik (Master) und in Neural Engineering (internationaler Masterstudiengang).